可以认定假药的机构包括：公安机关：在办理危害药品安全犯罪案件时，公安机关可以商请药品监管部门提供检验结论和认定意见以协助认定假药。人民检察院：在提起公诉的生产、销售伪劣产品、假冒商标、非法经营等犯罪案件时，所涉产品是否属于假药难以确定的，应由公诉机关委托法律、行政法规规定的产品质量检验机构进行鉴定。