克罗地亚的独立影响是连锁性的，这让除了已经独立的斯洛文尼亚和克罗地亚以外的本来还忠于南斯拉夫联邦的剩下的三个共和国都或多或少的产生了动摇。
而这一场最终彻底毁灭了南联邦的战争，就爆发在这之前还忠于中央政府的共和国——波斯尼亚和黑塞哥维那，又称波黑的地方。
这场战争，也就是大名鼎鼎的波黑战争。
波黑这个国家也是南斯拉夫联邦中情况最复杂的加盟共和国。
之前独立的斯洛文尼亚和克罗地亚，国内除了塞尔维亚民族以外，就只有他们本民族的人口。
所以对于他们来说，独立其实并不难，只要把塞族人赶出自己的国土，实现自己的民族一体化，独立就是水到渠成的事。
在斯洛文尼亚的斯洛文尼亚人占了90%以上，克罗地亚的克罗地亚人也高达75%以上，独立对于他们来说，确实是相较容易的一件事。
可是轮到波黑的时候，情况就复杂得多了。
首先，波黑并不是单一民族国家，国内充斥了三个民族，波斯尼亚人（穆斯林人）、塞尔维亚人和克罗地亚人三个主要民族，波黑内战爆发前夕，在440万总人口中，穆斯林族占43.7%，塞尔维亚族31.4%，克罗地亚族占17.3%。
最麻烦的地方又在于，这三个民族的主要诉求又是完全不同的。
穆族主张脱离前南独立，建立统一的中央集权国家。
克族也主张独立，但希望建立松散的邦联制国家。
塞尔维亚族则坚决反对从塞尔维亚作为政治主导力量的南斯拉夫联邦独立。
这种情况下，三方领导人更应该坐下来好好谈，可问题就在于斯洛文尼亚和克罗地亚的成功独立大大刺激了波黑共和国的内部矛盾，独立派系仿佛受到了鼓舞一般开始全面行动。
1992年3月3日，波黑议会在塞族议员反对的情况下正式宣布波黑独立。仅仅一个多月后的4月6、7日，欧共体和美国随即予以承认。
在这种情况下，塞族随即宣布成立“波黑塞族共和国”，脱离波黑独立。
说起来挺有意思：我们不同意你们代替我们独立，所以我们决定在你们独立后，再在你们的国家里独立。
波黑3个主要民族间的矛盾骤然激化，导致波黑战争爆发。
战争最初在以穆、克族为一方和塞族为另一方之间展开，但不久后，穆、克族关系也破裂，彼此间也发生了战争。
这下波黑共和国仿佛成为了小三国，成了三足鼎立之势。
各方先是抢占本族居民占多数的地区，继而塞、穆族之间在东部的塞尔维亚与波黑边界一线、西北地区及首府萨拉热窝，塞、克族之间在北部靠近克罗地亚边界地区发生了大规模军事冲突。
各派武装不断开辟新战场，战火迅速在波黑3/4的土地上蔓延。三族共有20多万人参战，其中穆族11万、塞族8万、克族5万。塞族由于得到南斯拉夫联盟共和国（1992年4月由前南斯拉夫塞尔维亚和黑山两个共和国组成）的支持，加之其参战部队中有4万是南斯拉夫人民军1992年5月撤离时留下的波黑籍塞族官兵，装备有坦克、大炮、飞机等重武器（穆、克两族在战争初期基本无重武器），在军事上占有明显优势。到1993年底，占波黑人口31.4%的塞族控制全国约70%的领土，占波黑人口17.3%的克族控制约20%的领土，而占波黑人口43.7%的穆族只控制约10%的领土。
但就在这种塞尔维亚民族已经占据全面优势的时候，就像前面的斯洛文尼亚和克罗地亚战争一样，形势又发生了变化。。。。
西欧干涉来了。。。
北约对波黑的干预从对塞族进行军事威胁升级到实施有限空中打击，于1994年2月上旬向塞族发出限期从萨拉热窝周围撤走所有重武器的最后通牒，下旬以“违禁”为由击落塞族飞机4架。3月在美国敦促下，穆、克两族签署建立联邦和联邦军队的协议，使波黑战场再度形成穆、克族联合对付塞族的新态势。
1994年春，由于塞军的一发120毫米迫击炮打到萨拉热窝造成67名平民死亡，联合国安理会正式授权北约开始空袭。同时克罗地亚人和波斯尼亚人再度结成同盟。3月1日在华府的波斯尼亚-克罗地亚方决议组成联邦。4月10日到11日之间北约小规模的对塞尔维亚方实行轰炸。同年8月，南联盟为摆脱国际社会制裁，在塞族拒绝接受美、俄、英、法、德五国联络小组提出的波黑和平方案后与之断绝一切联系，使塞族陷入孤立无援的境地，军事优势受到削弱，但仍掌握战场主动权。8月5日塞尔维亚方攻击了联合国的武器库，因此北约开始进行轰炸，入秋之后美国对波斯尼亚-克罗地亚方也展开了的军事援助。
在这样的助力下，10月下旬穆族从守势转为攻势，这个攻势一度成功，但是在11月初就遭到塞尔维亚方的反击而不得已只好撤退。塞族实行全民军事总动员，并得到克罗地亚境内“塞尔维亚克拉伊纳共和国”军队的支援，于11月中旬夺回全部失地并包围比哈奇。
11月下旬，北约对克拉伊纳塞族控制的乌德比纳机场和波黑塞族的奥托卡导弹基地进行了大规模空袭，但并未改变战场态势。
年底，穆、塞双方达成停火协议。
1995年8月，克罗地亚攻克境内的“塞尔维亚克拉伊纳共和国”，形势对于塞族人继续开始恶化，8月28日，萨拉热窝中央市场被塞族军队炮击，造成37名平民死亡。1995年8月30日至9月14日，北约以萨拉热窝遭炮击为由，出动3400余架次飞机对波黑塞族阵地实施空中突击，并发射13枚“战斧”式巡航导弹，使波黑塞族的指挥、控制、通信系统完全陷入瘫痪。穆、克族军队在克罗地亚军队配合下，乘机在波黑西部向塞族发动进攻。到9月下旬，穆克联邦和塞族实际控制的领土已接近美、俄、英、法、德五国联络小组为双方确定的比例。塞丧失军事优势，被迫同意由南联盟代表其参加由美国主持的波黑和谈。
波黑战争是二战后在欧洲爆发的规模最大的一次战争。战争中，三族共动用近2000门大炮、600辆坦克、600辆装甲车以及一些战斗机等。波黑430多万人口中有27.8万人死亡，200多万人沦为难民；全国85%以上的经济设施遭到破坏，直接经济损失450多亿美元。
波黑战争的进程伴随着外部势力的军事介入和武装干预，特别是北约所进行的军事干预对战争结局产生了重大影响。
甚至可以说造成这么严重的后果，北约难辞其咎。
也因为战争的烈度不断升级，不管是塞尔维亚人，波斯尼亚人还是克罗地亚人，三方的道德水准都不断地下降，腌臜的事情都干了不少。
塞族武装攻占斯雷布雷尼察后，将在斯雷布雷尼查居住的波斯尼亚克男子全部屠杀光不留一人。大批波斯尼亚妇女被强奸，还有有身孕的妇女被挑开肚子。史称斯雷布雷尼察大屠杀事件。因为经历这样的事情，在这两地区之间的波斯尼亚克人和塞尔维亚人依旧有着无法抹灭的隔阂和心结。
战争因民族矛盾而起，因“统”和“独”而扩大，最后在西方军事打压下结束。在战争中塞、穆、克三族均动了血本，并付出了惨重代价，该国85%的经济设施遭破坏。由民族矛盾引发的战争往往伴有大规模的种族屠杀。为了本民族更多领土，穆、克、塞三族进行了残酷的战斗。时至今日，波黑境内塞族、穆族分而治之（穆克两族也形同路人）。
波黑战争导致大批人员失踪。迄今已有2万具无名遗骸身份得到确认，但仍有上万人去向不明。波黑实验室正用DNA鉴定无名尸。
随着南斯拉夫联邦的斯洛文尼亚、克罗地亚、波斯尼亚和黑塞哥维那和马其顿四个共和国相继宣布独立或试图独立，南斯拉夫联邦已经名存实亡了。
在这种情况下，1992年4月27日，南斯拉夫联邦共和国议会通过新宪法，宣布塞尔维亚和黑山两个共和国联合成立南斯拉夫联盟共和国。
南斯拉夫社会主义联邦共和国正式解体。
不过很可惜，对于塞尔维亚来说，你们的苦难史还没有结束，成立南联盟也不会是你的终结，只会是另一场苦难的开始。
